Ya como Bungie, empezarían a desarrollar juegos para Mac, empezando por Operation: Desert Storm. Después ficharía al programador Jason Jones y desarrollarían Minotaur: The Labyrinths of Crete (1992), un juego que ganaría una legión de seguidores. Posteriormente desarrollarían Pathways into Darkness (1993), juego que sería un éxito comercial y de crítica, consiguiendo premios al mejor juego de rol y aventuras del año.

 

Bungie comenzó a desarrollar la secuela de Pathways into Darknesscomo, secuela que finalmente finalizaría en un proyecto diferente llamado Marathon, un shooter futurista en primera persona que sería el primero en implementar un sistema de control en primera persona donde los jugadores podían usar su ratón para mirar hacia arriba y hacia abajo, así como para ambos lados. El juego, publicado en 1994, fue un éxito de crítico y de ventas, y es considerado como una parte poco conocida pero importante de la historia del videojuego. El éxito del primer juego dio lugar a dos secuelas: Marathon 2: Durandal y Marathon Infinity.

 

En 1997 Bungie cambiaría de género para pasarse a la estrategia con Myth: The Fallen Lords y Myth II: Soulblighter, juegos que hacían hincapié en la gestión de nuestra unidad táctica en contraposición con el modelo de recolección de objetos de otros títulos similares. Ambos juegos ganaron múltiples premios y generaría una comunidad de fans. Ambos juegos fueron los primeros que salieron simultáneamente para Mac y PC.

 

En 1999, Bungie anunció Halo: Combat Evolved para de PC y Mac, pero en 2000 Microsoft anunciaría que había adquirido Bungie, convietiéndose en parte de la división de juegos de Microsoft, y desarrollándose Halo como título exclusivo para Xbox, aunque bastante tiempo después acabaría saliendo para Mac y PC.

 

Los derechos de Oni, otro juego que estaba siendo desarrollado por Bungie, fueron transferidos juntos con los de Myth a Take-Two Interactive después de la compra de Bungie por parte de Microsoft, pero los desarrolladores de Oni fueron capaces de seguir desarrollando el juego hasta su salida en 2001 para PC, Mac y portado también a PlayStation 2.

 

Por su parte, Halo: Combat Evolved sería un éxito aclamado por la crítica, vendiendo más de 6.5 millones de copias, y convertirse en la franquicia insignia de Xbox. El éxito de Halo llevó a Bungie crear toda una serie de juego, entre los que se encuentran Halo 2, Halo 3, Halo 3: ODST y Halo: Reach.

 

En 2007, Bungie anunciaría su separación de Microsoft para convertirse en una empresa privada y quedándose Microsoft con los derechos de la saga Halo. Pero a pesar de ello seguiría desarrollando juegos para Microsoft y sus sistemas, prueba de ello son sus posteriores títulos: Halo 3, Halo 3: ODST y Halo: Reach.