Después de la publicación de Silent Hill, Team Silentse independizó de Konami. El equipo, ahora dirigido por Tsuboyama, desarrollaría Silent Hill 2 para la consola PlayStation 2. Fue tal la popularidad del juego que se realizaron portes para Xbox y PC. En 2002 se decidió crear una secuela directa de primer Silent Hill y otro basado en la serie pero con un sistema y estilo diferente. Y así nacieron Silent Hill 3 y Silent Hill 4: The Room, los dos juegos producidos por el compositor del equipo Akira Yamaoka, el primero bajo la dirección de Kazuhide Nakazawa, el escritor Owaku y el artista Ito y publicándolo en 2003 para PlayStation 2 y PC, y el segundo dirigido por Tsuboyama para PlayStation 2, Xbox y PC. 

 

Team Silent estaba trabajando en Silent Hill 5 con la intención de volver a las raíces psicológicas vistas en la segunda entrega, pero en 2007 los integrantes de Team Silent decidieron separarse, por lo cual el proyecto no llegó a culminarse y Konami pasó los derechos del juego a Double Helix Games, que acabaría desarrollando Silent Hill Homecoming, que se publicaría en 2008. Akira Yamaoka participaría en el juego como compositor de la banda sonora y como productor ejecutivo. Finalmente Konami daría el contro sobre la serie Silent Hill a la desarrolladora Climax Group, con Yamaoka como compositor.

 

Los miembros de Team Silent estuvieron involucrados en varias publicaciones oficiales de la serie en Japón, como las guías Silent Hill Official Guide Complete Edition y el libro Lost Memories: Silent Hill Chronicle, donde detallaron las inspiraciones y significados simbólicos de sus juegos. El equipo menciona como inspiración a los autores Stephen King y Dean Koontz, los mangas de Daijirō Morohoshi y Junji Ito, las películas de David Lynch y Stanley Kubrick, La escalera de Jacob de Adrian Lyne, el arte de Hieronymus Bosch y Francis Bacon, y la música rock industrial y techno alemán. El artista Masahiro Ito y el escritor Hiroyuki Owaku también publicaron el manga interactivo para teléfonos móviles Silent Hill: Cage of Cradle, una historia relacionada al primer juego de la serie. En 2006 Christophe Gans, que había conseguido los derechos de la adaptación cinematográfica de Silent Hill, pidió la participación de Akira Yamaoka como productor para crear el filme.

 

Algunos miembros de Team Silent se unieron a Sony Computer Entertainment, involucrándose en el desarrollando la serie Siren.