The King of Fighters 99 es un juego de lucha desarrollado por SNK para su sistema arcade Neo Geo CD. Lanzado en 1999, es la sexta entrega de la serie. Respecto a las versión Neo Geo / MSV, esta versión de Neo Geo CD cuenta con una banda sonora remasterizada en calidad CD y con mayores tiempos de carga (si dispones del modelo Neo Geo CDZ los tiempos de carga se reducen un poco respecto a la Neo Geo CD básica). El juego necesita cargar cada personaje por separado, por lo cual, al ser enfrentamientos de 3 vs 3, las cargas pueden hacerse. The King of Fighters 94 es el único The King of Fighters para Neo Geo CD que carga de una sola vez todos los personajes antes del combate. Esta versión sufre recortes de frames de animación en los personajes debido a la insuficiente memoria RAM de 7 MB del sistema Neo Geo CD respecto a Neo Geo / MSV, en las cuales la memoria iba almacenada en los cartuchos.

La trama del juego nos lleva a un nuevo torneo organizado por Krizalid, cuya organización va a la vanguardia en la tecnología para el estudio de la clonación de seres humanos. Su intención es encontrar poderosos luchadores cuyos datos de combate pudieran ser incluidos en sus clones, los cuales serían usados para derrocar a los gobiernos de todo el mundo.

The King of Fighters 99 trae importantes cambios a nivel jugable. Los equipos cuentan ahora con cuatro miembros, tres de los cuales son jugables, y el cuarto es designado como Striker. Los personajes Striker son usados como ayuda en la batalla durante un escaso periodo de tiempo. Es similar a la ayuda de los miembros de equipo en The King of Fighters 94 y The King of Fighters 95, con la diferencia de que ahora pueden ser encadenados como parte de un combo, y que pueden ser llamados un número limitado de veces, por las ilimitadas de juegos anteriores.

Los estilos de lucha seleccionables (Advance y Extra) de The King of Fighters 98 han sido sustituidos por un único estilo. El jugador llena su medidor de energía al atacar al oponente o al realizar movimientos especiales. Esta vez, hay dos modos que pueden ser activados durante un tiempo limitado:

El modo Counter, que aumenta la fuerza ofensiva del personajes y permite utilizar el movimiento súper especial hasta que acabe el tiempo límite, así como la combinación de movimientos especiales con súper movimientos especiales mediante la técnica de cancelación de ataque.

El modo Armor, que aumenta la fuerza defensiva del personaje, pero te impide utilizar movimientos especiales.